Στην απόφαση, με την οποία κλείνει ένα ακόμα προαπαιτούμενο για τη συμφωνία με τους δανειστές και για την προώθηση του διαγωνισμού παραχώρησης του οδικού άξονα από το ΤΑΙΠΕΔ, περιλαμβάνεται και ο απώτατος χρόνος λειτουργίας των σταθμών διοδίων, η κατασκευή και ενεργοποίηση των οποίων καθυστερούν εν μέσω απεργιακών κινητοποιήσεων του προσωπικού της Εγνατία Οδός ΑΕ (κάθε ημέρα που υπάρχει διαγωνισμός κατασκευής νέων σταθμών διοδίων).Συγκεκριμένα προβλέπεται πως για τους μετωπικούς σταθμούς Παμβώτιδας, Μέστης, Ιεροπηγής και Ευζώνων, απώτατος χρόνος λειτουργίας είναι η 31η Αυγούστου 2017.Για τον μετωπικό σταθμό διοδίων Σιάτιστας, η 1η Νοεμβρίου 2017, για τους σταθμούς διοδίων Θεσσαλονίκης, Ασπροβάλτας, Καβάλας και Στρυμονικού, η 10η Οκτωβρίου 2017, για τον μετωπικό σταθμό διοδίων στο Αρδάνιο, η 1η Νοεμβρίου 2017 ενώ την ίδια ημερομηνία προβλέπεται να λειτουργήσει και το σύνολο των είκοσι πλευρικών σταθμών διοδίων.Σήμερα στην Εγνατία Οδό λειτουργούν οκτώ σταθμοί διοδίων, στην Τύρια (περιοχή Παραμυθιάς Θεσπρωτίας), στο Μαλακάσι (περιοχή Μετσόβου), στον Πολύμυλο Κοζάνης, στα Μάλγαρα Θεσσαλονίκης, στην Ανάληψη (περιοχή Λαγκαδά), στη Μουσθένη Καβάλας, στον Ίασμο Κομοτηνής και στον Προμαχώνα Σερρών.Στα προαπαιτούμενα του συμπληρωματικού μνημονίου περιλαμβανόταν και η απαίτηση να προκηρύξει η Εγνατία Οδός Α.Ε. διαγωνισμό για την κατασκευή και τον πλήρη εξοπλισμό των τριών σταθμών διοδίων (Βενέτικου, Θεσσαλονίκης και Αλιάκμονα), καθώς και για τρεις επιπλέον σταθμούς (Ασπροβάλτα, Καβάλα και Στρυμονικό). Επιπλέον, προβλέπεται πως «η Ελληνική Δημοκρατία θα εκδώσει υπουργική απόφαση που θα προσδιορίζει τη βελτιστοποίηση του υφιστάμενου “ανοικτού” συστήματος διοδίων, όπως προτείνεται από τον Τεχνικό Σύμβουλο του ΤΑΙΠΕΔ».Στην ΚΥΑ επισημαίνεται πως μέχρι το τέλος του 2018, οπότε και εκτιμάται πως θα τεθεί σε λειτουργία το κεντρικό σύστημα εφαρμογής και είσπραξης αναλογικών διοδίων από το υπουργείο Υποδομών, θα λειτουργούν κανονικά οι σταθμοί διοδίων που προαναφέρθηκαν. Συγκεκριμένα αναφέρεται ότι «το Ελληνικό Δημόσιο έχει ήδη εκκινήσει τη διαδικασία σχεδιασμού, χρηματοδότησης, προμήθειας, εγκατάστασης και θέσης σε λειτουργία ολοκληρωμένου ηλεκτρονικού αναλογικού συστήματος διοδίων δορυφορικής τεχνολογίας ή τεχνολογίας ασύρματης επικοινωνίας δεδομένων (π.χ. GSΜ), μέσω του οποίου θα διενεργούνται οι χρεώσεις διοδίων τελών στους αυτοκινητόδρομους, περιλαμβανομένης και της Εγνατίας Οδού και των καθέτων αυτής αξόνων. Το ως άνω σύστημα εκτιμάται ότι θα τεθεί σε πλήρη λειτουργία μέχρι το τέλος του 2018».
«Έως την πλήρη θέση σε λειτουργία του ανωτέρω ηλεκτρονικού αναλογικού συστήματος σε όλους τους αυτοκινητοδρόμους, η επιβολή και είσπραξη διοδίων τελών στην Εγνατία Οδό και στους κάθετους αυτής άξονες θα γίνεται σύμφωνα με τα προβλεπόμενα στην παρούσα απόφαση. Ειδικά οι σταθμοί διοδίων που αντιστοιχούν στις περιαστικές περιοχές Θεσσαλονίκης, Καβάλας, Ιωαννίνων, Αλεξανδρούπολης και περιοχής Σιάτιστας, θα λειτουργήσουν σταδιακά με ειδικό σύστημα αναλογικής χρέωσης (rebate), μέθοδος με την οποία η χρέωση των οχημάτων που διαθέτουν πομποδέκτη (ηλεκτρονικοί χρήστες) θα γίνεται απολύτως αναλογικά και οι χρήστες αυτοί θα χρεώνονται μόνο για την απόσταση που διανύουν».